【医療機関向け】インボイス制度と医療機関への影響

令和5年10月からのインボイス制度導入に向けて、すでに令和3年から適格請求書発行事業者の登録申請が始まっております。

インボイス制度に対して医療機関がどのような対応をすべきなのか、日本医師会からも令和3年末に案内が出されていました。

ここでは開業されている先生方に向け、インボイス制度の概要と、医療機関に対してどんな影響を与えるのかをご紹介いたします。

対象となる医療機関は？

インボイス制度の対象となる医療機関は以下の通りです。

• 事業者宛に課税売上（健康診断等）の請求書や領収書を出す医療機関等
• 自費診療の売り上げが年間1,000万円を超える医療機関（課税事業者）

医療機関における保険診療は課税対象ではないため、大きな影響はありません。

一方で健康診断や予防接種、また治験などは自費診療扱いとなります。

健康診断や予防接種など企業から受託している場合、その企業側からインボイス発行を求められる可能性があります。

対応しなくとも良いですが、インボイス発行できない場合には、自費診療の委託先医療機関として選択されなくなる可能性はあります。

同様に、自費診療の売り上げが年間1,000万円を超えている場合には免税事業者となることはできず課税事業者になりますので、インボイス制度への対応が必要になります。

その他、小児科などでの乳幼児健診・予防接種は医師会からの委託という形になっていることがあるかと思います。

その場合にも、医師会側が仕入れ税額控除を受けるために、医療機関側にインボイス制度への対応を推奨する可能性があります。

インボイス制度への対応

インボイス制度の対応は必須ではありません。

制度に対応するには、自ら課税事業者になる選択をする必要があり、その際には新たに納税義務が発生します。

企業への集団健康診断を実施しているなど、事業者に対して課税売上のある医療機関は検討が必要かもしれません。

もしも令和5年10月1日よりインボイス発行事業者としての登録を目指す場合、令和5年3月31日までに税務署への登録申請書の提出が必要になります。

しかし日本医師会でも、インボイス発行の機会がそれほど多くないと想定される医療機関が、過度にシステムの改修などを慌ててしていくことのないようにと案内をしています。

インボイス制度の対象になるのか確認してみましょう

ご自身のクリニックがインボイス制度の対象になるのか、なっている場合にはどのような意思決定をしていけばよいのか。

気になる先生は顧問税理士とよく相談しておきましょう。

参考

• 日医Onlin：医療問題Q&A　消費税のインボイス制度（令和3年（2021年）12月5日（日））
• 国税庁：特集 インボイス制度
• 国税庁：適格請求書等保存方式の概要

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